En 1135, les augustins du prieuré de Bellefontaine établissent à Courtefontaine une simple grange, c'est-à-dire, une exploitation agricole. 18 ans plus tard, en 1152, est fondé le prieuré, qui sera l'oeuvre de Raimbaud, chanoine de St-Paul de Besançon.
En 1477, les bâtiments du prieuré et de l'église sont brûlés et pillés lors de la guerre menée par Louis XI en vue de la conquête du Comté de Bourgogne.
A la Révolution, la maison du prieur est vendue comme domaine national. Rachetée sous la Restauration, celle-ci est concédée à l'évèque de St-Claude, qui y installe un des tous premiers petits séminaires.
L'église de Courtefontaine est l'un des rares édifices dont le style peut être qualifié de premier art roman, sans remaniements ultérieurs. Elle est présentée comme la plus complète des églises romanes de Franche-Comté.
L'église est classée Monument Historique depuis 1875. Elle n'est plus ouverte aux visiteurs en raison de son état, en attente de restauration.
Arbre tricentenaire planté vraisemblablement en 1678.
Dédiée à Notre Dame de Courtefontaine, édifiée en 1854, située à l'écart du pays en direction de Villars-St-Georges. 5 calvaires : placés en différents points du village. Fontaine-lavoir : à proximité de la Source donnant son nom au village.
Restauré et devenu une habitation privée, dont quelques meules ornent le jardin.
Recherche documentaire réalisée par: MM. Louis et Lapierre, Courtefontaine 1996 - Collaboration: IFAD.MR - Gendrey