Si au Moyen Âge, on parlait de "Mutiniacus", nom qui aurait pour origine celui d'un homme appelé Muttinius, il semble que le village devint Mustigné, puis Moutigney et enfin Mutigny avant de trouver sa forme définitive bien avant la Révolution.
Ses habitants sont appelés les Mustigniens et les Mustigniennes.
Le village de Mutigney se situe au nord du Jura, à la frontière de la Haute-Saône et de la Côte-d'Or, sur le flanc d'un léger relief bordant la plaine de la rivière Ognon.
1793 : 278 habitants
1841 : 478 habitants
1876 : 425 habitants
1936 : 258 habitants
1968 : 191 habitants
1975 : 175 habitants
1982 : 169 habitants
1999 : 143 habitants
2008 : 149 habitants
2013 : 166 habitants
2015 : 167 habitants
2021 : 174 habitants