Dans la falaise calcaire qui domine la rive droite du Doubs entre Dampierre et Ranchot, un abri sous la roche baptisé les « Cabones » témoigne d'une présence humaine qui pourrait remonter jusqu'à 15 000 ans avant Jésus-Christ.
Les romains ont laissé leur souvenir dans une route importante allant de Lyon à la frontière du Rhin. Celle-ci traversait le territoire et le lieu dit « maison rouge » fut un des nombreux postes de garde situé le long de cette route.
Placée sur un axe de passage, Dampierre a souffert à toutes les époques des invasions et des guerres de conquêtes.
En 1636 alors que les Français assiégeaient Dole, Dampierre et les villages voisins furent complètement détruits.
Au 18ème siècle, avant le développement des forges de Fraisans, les habitants deviennent pour la plupart forgerons tout en continuant le travail de la terre.