Elle doit son origine à un monastère fondé sous l'invocation de la Sainte-Vierge entre 1135 et 1150, par Raimbaud, chanoine régulier de St-Paul de Besançon.
Pendant cette période, Raimbaud entreprit la construction d'un prieuré de l'ordre de St-Augustin, dans une clairière issue d`un défrichement de la forêt. Le terrain avait été offert par les seigneurs de Liesle et d'Abbans.
Comme il y a neuf siècles, le sol reste accidenté, «partie en arbres, partie en terre blanche et partie graveleuse et rocailleuse, peu fertile».
On trouve sur le territoire de la marne et du minerai de fer non exploité, des anciennes carrières de pierre de taille blanche et bleue de première qualité. Cette pierre était autrefois exportée à Besançon et sur beaucoup d'autres points éloignés de la province.
Aujourd'hui encore, le calme village de Courtefontaine reste comme isolé dans son immense clairière. Il attire l'attention grâce à l'ensemble immobilier imposant formé par l'église et l`ancien prieuré. Dans son parc, on peut voir les restes d'une fontaine.