Existence d`un village ancien, Arne?
Occupation romaine attestée.
Siège d`une Prêvôté du baillage de Dole (44 villages), d`une Gruerie (pour les délits forestiers) et d`une Seigneurie qui englobait Vigearde, Romain, Taxenne, Rouffange, Vitreux, Jallerange et Malange (1435). Les seigneurs de Gendrey furent d`abord les Comtes de Bourgogne. Alix de Méranie délivre la charte d`affranchissement du village en 1274, puis les Ducs de Bourgogne de 1383 à 1485.
Nicolas Perrenot de Grandvelle 1538/1596.
Les Rois d`Espagne à dater de 1633.
Pendant la guerre de 10 ans (1636/1646) Gendrey est incendié (1636) et sacagé (1637).
Avec le traité de Nimègue sous Louis XIV, Gendrey devient possession française.
Au 18ème siècle de nombreuses maisons sont bâties.
Antoine Grenot, avocat sera deputé et très actif lors de la révolution de 1789. Cadastre Napoléonien de 1816.
Au 19ème siècle, essor du village l`exploitation du minerai de fer en forêt d`Arne.
1856, construction de la voie ferrée d`Ougney aux Forges de Rans. Le déclin des mines d`Ougney, puis des forges de Fraisans a eu de graves conséquences sur les ressources locales et la démographie.