L'Abbaye de Saint-Paul de Besançon, sous la dépendance de laquelle est placée l'église d'Etrepigney, fonde dans le village un prieuré vers 1150. Cette institution, transformée en "obédiencerie" ne disparaîtra qu'au 18ème siècle.
Etrepigney fait partie intégrante du domaine des souverains comtes de Bourgogne qui mirent en place une administration cohérente et efficaces avec prévôts, maires, sergents et forestiers.
La Seigneurie d'Etrepigney était tenue en fief par la famille de Rans puis par les Sallenove.
Le hameau des Cinq Sens, comprenant la motte féodale et le moulin sur la Doulonne, était tenu en arrière-fief par la famille des Cincens dont certains membres occupèrent des places élevées dans l'administration de la province.
La Seigneurie, longtemps tenue par le Sieur Canoz, reviendra bientôt sous le contrôle direct de la Chambre des Comptes de Dole. On relève la présence de notaires ruraux et de maîtres d'école.
Le 16ème siècle se termine tristement (granges ruinées, terres en friche...) avec "L'invasion française" de 1595. Mais ces malheurs étaient peu de choses en comparaison des ravages provoqués par la "Guerre de Dix ans" (1636-1646) et par l'épidémie de peste qui l'accompagnait.
La population est à son plus bas niveau puis se reconstitue grâce, surtout, à l'apport constitué par l'immigration savoyarde.
Avec l'annexion définitive de la Franche-Comté par la France en 1678, les domaines des anciens Comtes de Bourgogne sont rattachés au domaine royal de France. A la même époque, on trouve les premières mentions, à Etrepigney, du métier de "potier de terre".
La question des rapports entre la communauté villageoise et la vaste forêt avoisinante se pose en permanence dans l'histoire d'Etrepigney.
Dès 1175, les moines du prieuré obtenaient du tribunal comtal, la reconnaissance de certains droits d'usage.
En 1280, le Comte de Bourgogne spécifiait qu'Etrepigney et Cinq Cens conserveraient leur "usage franc" et pourraient "user" en la dite forêt comme de coutume au temps passé. Ces droits d'usage firent, par la suite, l'objet de confirmations successives.
Lorsque l'administration forestière française fera preuve d'une grande sévérité, surtout à l'encontre des petits usagers (potiers et autres artisans), ce sera l'origine d'un conflit ouvert, "la Révolte des Demoiselles" qui opposa en 1765 les insurgés habillés en femme (les "demoiselles"), et la maréchaussée envoyée par le Parlement de Besançon.
On notera, enfin, l'importance relative de la part des bois communaux (474 hectares) attribués à la commune d'Etrepigney en considération de ses besoins pour la poterie.
Louis XIV vendit, en 1698, à Cl. F. Matherot, conseiller au Parlement de Besançon. Antoine Matherot, dernier seigneur d'Etrepigney, émigra à la Révolution mais la famille conserva en partie sa résidence.
Au 18ème siècle le village se donne un aspect qu'on peut encore lui reconnaître aujourd`hui : reconstitution de l'église, édification du presbytère et, surtout, construction d'un bon nombre de maisons de pierre, souvent encore habitées, dont les linteaux de porte d'entrée et les platines en fonte des cheminées témoignent de leur ancienneté.
Vers 1850, la courbe démographique de la population du village atteint son apogée (environ huit cents habitants).