Courtefontaine tirerait son nom du latin : CURTUS FONS (courte source)
Pourquoi courte source ? La source qui naît dans le flanc de la colline, en contrebas de la maison forestière actuelle, se précipite quelques dizaines de mètres plus loin dans un gouffre profond, après avoir arrosé un lavoir et fait tourner un moulin. L`eau ressort à quelques kilomètres de là, dans la rivière souterraine des Grottes d`Osselle pour se jeter dans le Doubs, près du Moulin de la Froidière.
Le village de Courtefontaine se situe à 28 km de Dole et autant de Besançon. Le territoire de la commune est limité au nord par Salans et Fraisans, à l'est par Fourg, Villars-St-Georges et Roset-Fluans, au sud et à l'ouest par Fourg et la Forêt de Chaux (parcelles communales de Fourg et Fraisans).
La superficie totale de la commune est de 1348 hectares dont 121 hectares de bois communaux.
Altitude: 263 mètres, le point culminant atteint 284 mètres sur le «Mont du Cros».
1790 : 229 habitants
1846 : 383 habitants
1851 : 276 habitants
1968 : 106 habitants
1975 : 119 habitants
1982 : 138 habitants
1990 : 185 habitants
1999 : 178 habitants
2009 : 212 habitants
2015 : 240 habitants
2021 : 247 habitants